Anders als bei Saiteninstrumenten geht es beim Stimmen eines Cajóns nicht um das Korrigieren seiner Tonhöhe, sondern um das Optimieren seiner Klangcharakteristik und Eliminieren von ungewünschten Störgeräuschen.
Abgesehen von den leicht durchzuführenden und gegebenenfalls auch wieder rückgängig zu machenden Dämpfungsmaßnahmen ist aber Vorsicht geboten: Zu hart gespannte Saiten oder zu fest angezogene Schrauben können das Cajón beschädigen!
In einigen Fällen führten solche Maßnahmen auch schon zu klanglichen Verschlechterungen.
In manchen Situationen kann es sein, dass der Basston für den jeweiligen Musikstil oder abhängig von den räumlichen Gegebenheiten zu lange nachklingt. In diesem Fall hilft es, ein Handtuch oder etwas vergleichbares in das Cajón zu legen und es je nach gewünschtem Dämpfungsgrad mehr oder weniger an der Schlagfläche anliegen zu lassen.
Auch die Saiten in einem String-Cajón lassen sich dämpfen, wenn sie ungewollte Sirrgeräusche erzeugen oder zu dominant erscheinen. In manchen Cajónes findet man dafür Klettstreifen, die über den Saiten angebracht sind und gestrafft oder gelockert werden können. Sollten solche nicht vorhanden sein oder nicht zum gewünschten Erfolg führen, kann man die Saiten auch mit Klebebandstreifen abdämpfen.
Bei den meisten String-Cajónes kann man mittels Inbusschrauben an der Unterseite die Spannung der Saiten ändern. Viele Hersteller raten jedoch gänzlich davon ab oder empfehlen zumindest, nicht mehr als eine bestimmte Anzahl an Umdrehungen von der Voreinstellung abzuweichen.
Um gute Resultate zu erzielen, sind etwas Fingerspitzengefühl, Erfahrung und ein paar funktionierende Ohren nötig. Zur Orientierung kann man sagen: Zu fest gespannte Saiten erzeugen oft ein unschönes Sirren, und zu schlaffe Saiten neigen zum Scheppern. Es gilt also, sich langsam vorzutasten, um den optimalen Punkt dazwischen zu finden.
Manche Cajónes bieten auch die Möglichkeit, die Schlagfläche mittels der oberen, äußeren Schrauben ein wenig vom Korpus zu lösen, wodurch man den typisch peruanischen Snare-Sound erhält. Dieses Feature wird oft als Clap-Corners bezeichnet.
Zuletzt noch eine ungefährliche Methode, um den Cajón-Sound zu modifizieren: Durch das Verkleinern des Resonanzlochs, etwa mit einem mittels Gaffa aufgeklebten Stück Pappe, wird der Basston tiefer und trockener. Einige Cajónes am Markt sind dafür bereits mit einem Schieber am Schalloch ausgestattet.