Da Blockflöten vorwiegend aus Holz hergestellt werden, ergibt sich daraus auch ein besonderer Bedarf an Pflege. Holz ist lebendes Material, es reagiert auf Feuchtigkeit mit Aufquellen. Auch unterschiedliche Temperaturen machen dem Holz zu schaffen. Eine Flöte sollte daher niemals zu großer Hitze und zu starker Kälte ausgesetzt werden. Vor allem zu große Hitze kann dem Instrument bleibenden Schaden zufügen. Die Blockflöte sollte deshalb im Sommer niemals im geparkten Fahrzeug aufbewahrt werden. Gegen das Heiserwerden, das besonders in kalten Winter-Kirchen störend ist (Kondenswassertröpfchen im Kernspalt), kann ein Vorwärmen der Flöte (z.B. im Hemdärmel) Abhilfe schaffen.
Das Mundstück ist, wie der Name schon sagt, das Teil, welches Kontakt mit den Lippen des Flötisten hat. Aus hygienischen Gründen sollte bei jeder Flöte (auch bei Flöten aus Plastik, die ja sonst keiner weiteren Pflege bedürfen) nach dem Flötenspiel das Mundstück mit einem trockenen Tuch abgewischt werden. Vor aggressiven Reinigungsmitteln oder Desinfektionsmitteln ist zu warnen, da das Material der Flöte Schaden nehmen kann.
Der Windkanal muss unbedingt frei von Verschmutzungen bleiben, da er die Luft direkt auf das Labium lenken soll. Notfalls kann er mit einem Papierstreifen gereinigt werden. Das Labium ist der empfindlichste Teil der Blockflöte. Seine scharfe Kante darf auf keinen Fall beschädigt werden, da sonst die Tonqualität erheblich leidet.
Ein Heiserwerden ist in angemessenen Grenzen, besonders aber nach längerem Spiel, nichts Außergewöhnliches und abhängig von der Spielweise des Flötisten, der Temperatur sowie der Luftfeuchtigkeit des Raumes. Eine Wetterempfindlichkeit des Instrumentes ist keine Seltenheit. Auch die spezielle Atemwärme des Spielers ist für die Bildung von Kondenswasser nicht zu unterschätzen.
Die Innenseite des Flötenrohres hat einen großen Einfluss auf den Klang des Instrumentes, denn hier wirken sich Fasern und Staub besonders ungünstig auf den Klang aus. Deshalb sollte die Flöte nach dem Spiel immer gründlich ausgewischt werden. Hierfür sollte man einen Stab mit Öse für ein Tuch benutzen, da dieses besser säubert und trocknet als die handelsüblichen Blockflötenwischer.
Der Korpus einer Holzblockflöte muss gegen die kondensierende Feuchtigkeit der Atemluft und gegen Schmutz geschützt werden. Durch das Ölen bleiben Klang und Ansprache länger in voller Schönheit erhalten; anderenfalls altert das Holz zu schnell und verändert seine Maße beim Quellen und Trocknen. Das Ölen sollte in regelmäßigen Abständen ca. 3-4 mal im Jahr vorgenommen werden, spätestens jedoch, wenn das Holz beginnt, grau zu werden, benötigt es Öl. Entsprechendes Öl ist im Musikalienhandel und beim Instrumentenmacher erhältlich. Am besten verwendet man natürliche planzliche Öle wie z.B. : Leinöl, Süßes Mandelöl oder Tungoil. Block und Windkanal dürfen auf keinen Fall geölt werden, da sich auf geölten Flächen Wassertröpfchen bilden, die die Tonbildung behindern (Heiserkeit). Die Innenbohrung und die Tonlöcher sollten, wenn sie nicht vom Hersteller lackiert wurden, regelmäßig geölt werden. Die Mechanik von Klappen sollten dagegen mit einem mineralischen Öl behandelt werden, da dies nicht so schnell eintrocknet.
Die Zapfen sind meist mit einem Kork versehen und sollten bei Bedarf eingefettet werden. Ein Korkfett wird in der Regel beim Kauf des Instrumentes mitgeliefert.
Abschließend sei noch erwähnt, dass Reparaturen mit Ausnahme der Korkerneuerung, ausschließlich in einer Fachwerkstatt vorgenommen werden sollten.