Der eigentliche Durchbruch im Flötenbau gelang erst nach der Klassik und zwar durch Theobald Böhm (1794-1881). Der Flötist und Instrumentenbauer gab der Querflöte ihre heutige Form (wieder zylindrisch). 1832 entwickelte Theobald Böhm ein chromatisches Klappensystem, das die Anbringung der Tonlöcher allein nach akustischen Gesichtspunkten berücksichtigt. Dieses System, so sind sich Geschichtswissenschaftler einig, ist auch Vorbild für die Klarinette und das moderne, überzogene Klavier. Theobald Böhm war jedoch nicht der Erste und der Letzte, der ein neues Flötendesign entwarf. Aber seine Entwicklung ist innerhalb der letzten 160 Jahre nahezu unverändert geblieben und es gibt in jüngster Zeit wenig Interesse und auch wenige Versuche, etwas daran zu ändern. So haben zum Beispiel Louis Dorus (ca. 1860), Rudall Carte Co. (ca. 1860), Otto Schwedler (ca. 1890) und Alexander Murray (ca. 1960) versucht, Böhms Design zu verbessern und eine Flöte mit größerer technischer Leistungsfähigkeit sowie einem größeren Dynamikbereich und Klangspektrum zu konstruieren. Aber letztlich blieb Böhms Bauweise, die sowohl komplex als auch elegant und dennoch intuitiv und unkompliziert zu spielen ist, unverändert als Vorlage für den modernen Flötenbau.
Vor Böhms Entwicklung mussten die Spieler mit dem unkomfortablen Abstand der Tonlöcher kämpfen. Dazu kam eine Reihe "Cross-Fingerings", um die Noten der 3. Oktave zu erreichen. Die kleine Bohrung (Innendurchmesser) und die kleinen Tonlöcher der barocken und klassischen Flöte begrenzten das verfügbare Volumen des Instruments.
Theobald Böhm war auch dafür verantwortlich, dass Flöten aus Metall gebaut werden können. Hölzerne Flöten waren zwar noch bis zum frühen 20. Jahrhundert weit verbreitet, aber sein Tastensystem brachte zahlreiche Verbesserungen. Die Bohrung sowie der Durchmesser der Tonlöcher waren nicht mehr durch die Größe der Hände und der Finger des Musikers begrenzt. Alle Tasten konnten in durchschnittlicher Spielerreichweite erreicht werden, die Klangqualität verbesserte sich und die Flöte konnte sich im Gefüge mit dem Orchester jetzt durchsetzen.