Die Flöte sollte nach jedem Spielen komplett Innen (normales Tuch) sowie Außen (Mikrofasertuch) gereinigt werden. Vor allem Silberflöten, aber auch niedere Goldlegierungen laufen schnell an, vor allem wegen eventueller Fettrückstände der Haut.
Dazu nehmen Sie das Kopf- und das Fußstück genauso ab, wie Sie sie zusammengesteckt haben. Alle drei Teile werden vorerst wieder in den Kasten gelegt - so sind sie am sichersten aufgehoben. Wickeln Sie ein Baumwolltuch so um den Wischerstab, dass die Flöte in der Innenseite nicht verkratzt werden kann. Dann nehmen Sie die Teile wieder einzeln aus dem Kasten und reinigen sie folgendermaßen:
In den Klappen sind so genannte Polster eingebaut. Diese bestehen aus elastischem Material (aus einem Karton, einer Schicht Filz und so genannter Fischhaut aus hauchdünnem Schafsdarm) und haben die Aufgabe, die Tonlöcher luftdicht zu verschließen. Die Polster sind ein sehr empfindlicher Teil der Querflöte, darum sollte man sie nie mit den Fingern oder dem Putztuch berühren. Zum Teil werden die Polster bei professionellen Flöten heute aus synthetischen Materialien mit geringerer Dämpfung des Tones, besserer Resonanz und größerer Haltbarkeit hergestellt (Straubinger Pads, JS Gold Pads u. a.).
Nach einer gewissen Zeit verfärbt sich das Silber bei den meisten Flöten an einigen Stellen schwarz. Sie können Ihre Flöte mit einem Silberputztuch vorsichtig reinigen. Sie sollten das aber auch nicht allzu oft tun, da immer auch ein Stück der Versilberung abgetragen wird. Bleiben Sie beim Polieren von den Klappen weg, sie verbiegen sehr leicht und in ihrer Nähe sind kleine Federn und Achsen, die leicht zu verbiegen sind. Lassen Sie dies von einem Fachmann machen.
Die Flöte hat eine feine Mechanik, die mit Öl versorgt und nachgestellt werden muss. Die Polster werden, wenn sie abgenutzt sind, ausgetauscht. Man sollte eine Querflöte nicht zu lange zusammengesetzt liegen lassen, da sie sonst verstaubt oder gar rostet. Sie sollten vermeiden, das Instrument bei offenem Fenster, in der Sonne oder auf der Heizung liegen zu lassen, weil die Haut der Polster auf Temperatur- und Feuchtigkeitsschwankungen reagiert. Außerdem sollten die Putztücher nicht im Flötenkoffer aufbewahrt werden, da die Flöte dann schneller verstaubt und die Polster Feuchtigkeit ziehen und darunter leiden.