Das Fagott bedarf nach jedem Bläser-Einsatz unbedingt einer sorgfältigen Reinigung. Durch das Spiel ist eine gewisse Schweißablagerung auf der Mechanik und am Holz nicht zu vermeiden. Diese lässt sich jedoch mit einem weichen Tuch leicht entfernen. Die Innenwände von S-Bogen, Flügel und der rechten Stiefelseite (vom Bläser aus gesehen) sind sehr stark von Kondenswasserfeuchtigkeit betroffen. Durch Flügel und Stiefel zieht man zum Trocknen spezielle Wildledertücher mit Rückholschnur, für den S-Bogen gibt es spezielle S-Bogen Bürsten. Für die Bassstange und das Schallstück benutzt man einen flaschenputzerähnlichen Wischer mit weichen Borsten. Hin und wieder sollte man die Mechanik auch mit einem Silberputztuch reinigen.